Para a técnica de hibridização in situ fluorescente (FISH) é obviamente necessário um microscópio de fluorescência. Em geral, sua configuração é composta de uma fonte de luz intensa de amplo espectro. Esta luz é filtrada por um filtro de excitação que transmite luz em uma determinada faixa de comprimento de onda e posteriormente é desviado por um espelho dicróico (dispersor de feixe).
Os tecidos biológicos são geralmente compostos por proteínas, lipídios e água, cada um dos quais tem um índice de refração diferente (IR). Diferenças nos índices de refração, ou incompatibilidade, causam a dispersão da luz no tecido e resultam em opacidade tecidual.
Para a hibridização fluorescente in situ (FISH), é necessário um microscópio de fluorescência. A configuração deste é composta por uma fonte de luz que emite luz de alta intensidade com um amplo espectro. Esta luz é filtrada por um filtro de excitação que transmite apenas um certo comprimento de onda e é desviado por um espelho dicróico (divisor de feixe). A luz desviada é focalizada na amostra pela lente objetiva.
